Küçük hamamın bitişiğinde Selçuklu mimari tarzında yapılmış olan cami 1297 yılında Selçuklu Sultanı II. Mesut tarafından cami olarak yaptırılmış.
Osmanlı padişahlarından II. Mahmut'un eniştesi ve veziri Yörgüç Paşa'nın oğlu Amasya Mustafa Bey tarafından tamir ettirilmiş ve bunun üzerine de Yörgüç Paşazade Mustafa Bey adını almıştır. 1979 yılında bazı yerleşkeleri yenilenmiştir . Milli mücadele yıllarında 30 Mayıs ve 6 Haziran mitingleri bu camide başlamıştır. Restore edilen cami halen geçmişini yaşatarak hizmet vermektedir. Kaplıcaların bitişiğinde bulunması nedeniyle, kaplıcalar cami olarak da anılmaktadır.